ºÚÁϳԹÏ×ÊÔ´

Datavitskap med R for medisinske forskarar

Ph.d.-kurs

Emnebeskrivelse

MÃ¥l og innhold

Emnet har som mål å gi grunnleggande kunnskap for effektiv handsaming av forskingsdata, og gjennomføring av forskingsprosjekt.

Emnet skal formidle: forståing av basis programmeringskunnskap; oppretting av klare, reproduserbare analyseplanar; moderne retningsliner for digital administrering av prosjekt; smart bruk av IKT-infrastruktur; deling av kode/data.

Innhald:

  • Grunnleggande programmering (R)
  • Tidyverse
  • Analyse av medisinske data
  • Visualisering (ggplot2)
  • Versjonskontroll
  • Grunnleggande dokumentasjon
  • Deling av kode/data

Kurset går i haustsemesteret.

³¢Ã¦°ù¾±²Ô²µ²õ³Ü³Ù²ú²â³Ù³Ù±ð

Etter at kurset er gjennomført skal kandidaten ha følgande læringsutbytte definert i form av kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:

Kunnskapar

Studenten:

  • kan skille mellom R, RStudio og R-pakkar, og beskrive skilnadane mellom desse
  • kan forklare steg i utforskande dataanalyse og kvifor ein gjer dette
  • kan gje døme pÃ¥ strukturert og utforma "ryddig" data ("tidy data")
  • forstÃ¥r kvifor og kan forklare korleis ein bruker versjonskontroll
  • kan identifisere fleire visualiseringsmetodar som er ofte brukt i dataanalyse
  • kan gje døme pÃ¥ reglar for personvern og datadeling innan medisinsk forsking

Ferdigheiter

Studenten:

  • kan bruke grunnleggande R-kommandoar for Ã¥ mate inn og granske data
  • kan omstrukturere datasett ved hjelp av tidyverse R-pakken
  • kan lage grafar og figurar ved hjelp av ggplot2 R-pakken
  • kan bruke versjonskontrollprinsipp pÃ¥ eigne forskingsprosjekt
  • kan dokumentere filene, kodane og mappene i eigne prosjekt

Generell kompetanse

Studenten:

  • kan foreslÃ¥ naudsynte steg for gjennomføring av "tidy data analysis"
  • kan velge visualiseringsmetodar som passar best avhengig av datatypen, mÃ¥l for visualisering, og publikum
  • kan lage dataanalyseplan
  • kan lage ein rapport i .html, Word eller PDF, som summerer arbeidet sitt

Studiepoeng, omfang

3 ECTS

Studienivå (studiesyklus)

±Ê³ó.»å-²Ô¾±±¹Ã¥

Undervisningssemester

Haust

Undervisningssted

Bergen
Krav til forkunnskaper
Ingen
Anbefalte forkunnskaper
  • Har prøvd Ã¥ skrive eller Ã¥ lese eit skript
  • Har prøvd dataanalyse - sjølv om ein kun har prøvd to kommandoar og det var mislykka!
  • ForstÃ¥r det er vanskeleg Ã¥ forstÃ¥ andre sine skript/program 
  • Det er ikkje nausynt med forkunnskap om R, men det er eit pluss
Studiepoengsreduksjon
RMED901 - 2 studiepoeng
Krav til studierett
Ph.d.-kandidatar frå Det medisinske fakultet. Masterstudentar er også velkomne.
Arbeids- og undervisningsformer
Seminar med praktiske øvingar individuelt og i gruppe
Obligatorisk undervisningsaktivitet
Det er krav om fullt oppmøte grunna obligatorisk aktivitet
Vurderingsformer

I emnet nyttar ein følgande vurderingsformer:

  • Gruppeprosjekt
  • Gruppene blir oppretta i starten av kurset og gruppearbeidet under heile kurset blir ein viktig del av sluttprosjektet.
  • Dokumentasjonen vil bli utarbeida individuelt av medlemmene i gruppa for Ã¥ vise individuell framgang, og vil bli evaluert parallelt med gruppeprosjektet.

°¿±è±è³¾Ã¸³Ù±ð

Karakterskala
Bestått/Ikkje bestått
Vurderingssemester
Haust
Litteraturliste
Litteraturlista blir publisert i Leganto/MittºÚÁϳԹÏ×ÊÔ´
Emneevaluering
Emneevaluering kvart tredje år i tråd med nasjonale retningslinjer
Programansvarlig
Det medisinske fakultet
Emneansvarlig

Institutt for global helse og samfunnsmedisin

Julia Romanowska og Janne Mannseth

Administrativt ansvarlig

Institutt for global helse og samfunnsmedisin

Kontaktperson: