Anvendt bioinformatikk
³¢Ã¥²µ²¹°ù±ð²µ°ù²¹»å²õ±ð³¾²Ô±ð
- Studiepoeng
- 10
- Undervisningssemester ³ÕÃ¥°ù
- Emnekode
- MOL204
- Talet på semester
- 1
- ±«²Ô»å±ð°ù±¹¾±²õ²Ô¾±²Ô²µ²õ²õ±è°ùÃ¥°ì
- Engelsk
- Ressursar
-
Emnebeskrivelse
MÃ¥l og innhold
³¢Ã¦°ù¾±²Ô²µ²õ³Ü³Ù²ú²â³Ù³Ù±ð
Studenten skal ved avslutta emne ha følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:
Kunnskapar
Studenten
- har kjennskap kva type av data som er tilgjengeleg frå dei mest vanlege proteinsekvens- og strukturdatabasane (UniProt, GenBank, RefSeq, Protein Data Bank).
- kan teorien som ligg bak dei mest vanlege metodane for sekvenssøk og sekvenssamanstilling, og særskilt kjenner prinsippet og hovudtrinna for parvis og multippel sekvenssamanstilling.
- kan forklare og er i stand til å anvende hovudtrinna i dynamisk programmering for enkle samanstillingar av korte sekvensar.
- kan forklare prinsipper bak rekonstruksjon og tolkning av fylogenetiske trær.
- forstår samanhenger mellom sekvenslikskap, 3D struktur og funksjon (for proteinar), og evolusjonsdistanse.
- forstår prinsippa for korleis Hidden Markow Models og Position Specific Scoring Matrices kan nyttast til gjenkjenning av sekvensmønster.
- kjenner berekningsmetodar som nyttast til å føreseie 3D strukturar frå proteinsekvensar.
- har en grunnleggjande forståing for korleis ein kan nytte Unix og Python til å analysere biologiske data.
Ìý¹ó±ð°ù»å¾±²µ³ó±ð¾±³Ù±ð°ù
Studenten er i stand til
- å velje ut og nytte dei mest tenlege bioinformatiske sekvens- eller strukturdatabasane for å trekkje ut eller søkje data gitt eit spesifikt spørsmål i molekylærbiologi
- velje ut og nytte dei mest tenlege metodane for samanstilling av sekvensar, rekonstruksjon av evolusjonært slektskap, visualisering og analyse av proteinstrukturar.
- å ta i bruk Python og Unix for å utføre enkle bioinformatiske analyser.
Generell kompetanse
Studenten
- kan reflektere med bruk av kunnskap og ferdigheiter i bioinformatikk om eit gitt problem i molekylærbiologi kan tene på ein bioinformatisk tilnærming, og kva for metodar som i så fall vil vere tenlege
- kan i møte med ein ny nettbasert reiskap, få ei generell forståing av dei underliggjande prinsippa ved å bruke teoretisk kunnskap om dei mest nytta bioinformatiske metodane
Studiepoeng, omfang
Studienivå (studiesyklus)
Undervisningssemester
³ÕÃ¥°ù.
Emnet har eit avgrensa tal på plassar og inngår i undervisningsopptaket ved NT-fakultetet. Fristen for å melde seg til undervisning i emnet er onsdag i veke 2. Du får svar på om du har fått plass på emnet på Studentweb seinast måndag i veka etter fristen.
Det er obligatorisk oppmøte pÃ¥ første forelesing/orienteringsmøtet, og du kan risikere Ã¥ miste plassen om du ikkje møter. Dersom du ikkje kan møte pÃ¥ første forelesing/orienteringsmøtet mÃ¥ du kontakte studieseksjonen pÃ¥ e-post: studie.bio@uib.no. Tidspunkt for første forelesing/orienteringsmøtet finn du i timeplanen under «Ressursar» øvst til høgre eller pÃ¥ Mitt ºÚÁϳԹÏ×ÊÔ´.
Undervisningssted
Anbefalte forkunnskaper
Studiepoengsreduksjon
Krav til studierett
Arbeids- og undervisningsformer
Emnet gis som førelesningar og studentøvingar.
Førelesningar: Ca. 15 x 2 timar
Studentøvingar: Ca 15 x 2 timar
Gjennom semesteret skal kvar student levere inn besvarelse pÃ¥ 4-6 oppgÃ¥ver. Dette vektes 30% av endeleg karakter. Eksamen i emnet vektes 70% av endeleg karakter.Â
Obligatorisk undervisningsaktivitet
Vurderingsformer
Skriftleg eksamen, 4 timar (70%)
Skriftlege oppgåver (30%)
I semester utan undervisning:
I semester utan undervisning kan studenten gjennomføra skuleeksamen tidlig i semesteret. Resultatet av denne eksamen vil utgjere 70% av karaktergrunnlaget og oppgåvene vil utgjere 30%.