Innføring i omics
Masteremne
- Studiepoeng
- 10
- Undervisningssemester Haust
- Emnekode
- BINF201
- Talet på semester
- 1
- ±«²Ô»å±ð°ù±¹¾±²õ²Ô¾±²Ô²µ²õ²õ±è°ùÃ¥°ì
- Engelsk.Norsk om kun norskspråklege deltek.
- Ressursar
Emnebeskrivelse
MÃ¥l og innhold
Emnet gjev ein innføring i bioinformatikk for prosessering og analyse av data produsert ved hjelp av høy-kapasitets omics teknologiar inkludert sekvensering og masse-spektrometri basert proteomikk. Emnet inkluderer en innføring i relevante teknologier for data-generering, data-typane som blir produsert og steg for å prosessere og forberede data for analyse. Vidare inkluderer emnet metodar for å plassere avleste sekvensar på et referanse-assembly, for "de novo" assembly av genomer og transkriptomer, for analyse av alternativ spleising, genomiske varianter og for estimering av ekspresjonsnivå. I tillegg dekker emnet tilnærmingar til deteksjon av differensielt uttrykk på enkeltgen/protein-nivå samt på nettverk/system-nivå for eksempel ved bruk av over-representasjonsanalyse.
³¢Ã¦°ù¾±²Ô²µ²õ³Ü³Ù²ú²â³Ù³Ù±ð
Studenten skal ved avslutta emne ha følgjande læringsutbyte definert i kunnskapar, ferdigheiter og generell kompetanse:
Kunnskapar
Studenten skal
- Ha en generell forståing for nøkkel-teknologiar som brukas for å generere omics-data
- Forstå og være i stand til å implementere metodar for kvalitetskontroll, filtering og normalisering av sekvenserings- og proteomikk-data
- Forstå og være i stand til å forklare metodar for "mapping" av sekvensar og for "de novo" assembly av genomer og transkriptomer
- Forstår og være i stand til å forklare metodar for protein-identifikasjon og analyse av post-translasjonelle modifikasjonar
- Forstå og være i stand til å implementere og bruke metodar for deteksjon og annotering av genomiske variantar
- Forstå og være i stand til å implementere metodar for analyse av differensielt uttrykk og over-representasjonsanalyse
Ferdigheiter
Studenten kan
- Anvende ledande verktøy for å analysere reelle data fra sekvensering og proteomikk
- Ta del i å utforme et omikk-basert eksperiment for å adressere et biologisk spørsmål - og ta en ledande rolle i analyse av resulterande data
Generell kompetanse
Studenten kan
- Delta i grupper for å utføre og analysere omikk-eksperiment for å adressere et bestemt biologisk spørsmål
Fulltid/deltid
Fulltid
Studiepoeng, omfang
10
Studienivå (studiesyklus)
²Ñ²¹²õ³Ù±ð°ù²Ô¾±±¹Ã¥
Undervisningssemester
Haust.
Krav til forkunnskaper
Ingen
Anbefalte forkunnskaper
Studiepoengsreduksjon
INF285: 5 STP
Krav til studierett
For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til Fakultet for naturvitskap og teknologi
Arbeids- og undervisningsformer
Undervisninga gis i form av førelesningar og studentøvingar
Førelesningar, 4 timar per uke
Studentøvingar, 2 timar per uke
Obligatorisk undervisningsaktivitet
Godkjent obligatorisk aktivitet er gyldig i 1 påfølgande semester etter godkjenninga.
Vurderingsformer
Mappevurdering. Mappa består av 50 % innleveringar og 50% skriftleg skuleeksamen (3 timar). Både innleveringa og eksamen må vera bestått.
Karakterskala
Karakterskalaen A-F blir nytta.
Vurderingssemester
Det er ordinær eksamen kvart semester. I semesteret utan undervisning er eksamen tidleg i semesteret.
Litteraturliste
Litteraturlista vil vere klar innan 01.07. for haustsemesteret og 01.12. for vårsemesteret.
Emneevaluering
Studentane skal evaluere undervisninga i trÃ¥d med ºÚÁϳԹÏ×ÊÔ´ og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.
Hjelpemiddel til eksamen
Enkel kalkulator tillatt, i samsvar med modeller angitt i fakultetets regler
Programansvarlig
Programstyret har ansvar for fagleg innhald og oppbygging av studiet og for kvaliteten på studieprogrammet og alle emna der.
Emneansvarlig
Emneansvarleg og administrativ kontaktperson finn du pÃ¥ Mitt ºÚÁϳԹÏ×ÊÔ´, kontakt eventuelt studieveileder@ii.uib.no
Administrativt ansvarlig
Fakultet for naturvitskap og teknologi ved Institutt for informatikk har det administrative ansvaret for emnet og studieprogrammet.